Cuenca es la segunda provincia castellano manchega con mayor número de fosas, 50 distribuidas en 44 localidades diferentes. El caso de Cuenca es paradigmático en cuanto a la situación de los trabajos de exhumación: del total, 32 fosas no han sido intervenidas, lo que supone el 64% de las fosas: solo un 5% han sido exhumadas de manera total (9) o parcial (1). Sin embargo, es necesario tener en cuenta que un porcentaje elevado de las fosas fueron probablemente individuales, ya que se abrieron para enterrar a guerrilleros específicos asesinados por la Guardia Civil.
Del número total de fosas registrado, al menos 33 fosas son de este tipo. Este hecho se deriva de la gran actuación que tuvo la AGLA (Asociación Guerrillera de Levante y Aragón) en la región, especialmente en la zona de la serranía. La AGLA se organizó en Cuenca en dos divisiones, la 5º y 11º, y destacó en localidades como La Pesquera. La AGLA fue una de las últimas agrupaciones guerrilleras en desarticularse en España.
Como en otras provincias, el interés por la recuperación de la memoria democrática y la exhumación de fosas varía en Cuenca según la localidad, aunque en general se puede afirmar que supone una de las provincias con menor participación de políticas locales en este proceso, a pesar del trabajo realizado por asociaciones memorísticas, entre las que destaca La Gavilla Verde. Esta asociación ha llevado a cabo un intenso trabajo de recuperación de la memoria y de exhumaciones, especialmente en el caso de la guerrilla. La mayoría de las exhumaciones de la provincia se realizaron en torno a 2005 gracias al trabajo de esta asociación y al grupo de investigación PALEOLAB dirigido Manuel Polo. La fosa común más conocida es la de la Tahona de Uclés, cuyos trabajos iniciaron en el año 2005 pero tuvieron que ser detenidos ante la falta de financiación.
Autor: RAL